Joseph Hubertus Pilates nació cerca de Dusselfdorf, Alemania, en 1880. Fue un niño enfermizo que sufrió de asma y fiebres reumáticas, por lo que decidió dedicar toda su vida al estudio del cuerpo humano y a como conseguir un físico y una mente sanos, fuertes y equilibrados.
Practicó numerosos deportes como el esquí, submarinismo, gimnasia y levantamiento de pesas. En 1912, durante su segunda estancia en Inglaterra, fue boxeador, artista de circo y entrenador de defensa personal del cuerpo de detectives de Scotland Yard.
Al estallar la Primera Guerra Mundial, ingresó en un campo de concentración y allí trabajó como enfermero, entrenando a otros internos con los ejercicios de mejoramiento físico que había creado para él mismo. Ninguno de estos internos sucumbió a la gran epidemia que mató a cientos de ingleses en 1918.
Tras la guerra trabajó en Hamburgo, Alemania, donde compartió su método con la fuerza policial de la ciudad. En 1926, rehusó trabajar para la armada alemana y emigró a Estados Unidos. En el viaje conoció a la que se convertiría en su esposa, Clara, y junto a ella fundó el primer estudio Pilates en New York. Ambos trabajaron personalmente con sus clientes hasta los años 60.
Joseph H. Pilates murió en 1967 a la edad de 87 años. Su obra fué continuada por su esposa Clara y por una de sus discípulas ROMANA KRYZANOWSKA, que estudió y trabajó junto a Pilates durante más de 30 años. Juntas se dedicaron a mantener vivo el estudio originario de Nueva York.